1.资源分配的严重不均衡
在大多数农村地区，分散的、功能较弱的、质量不高的个体工商户构成了农村分配制度的主体。据中国消费者协会的调查显示，31.3%的农民认为购买生活用品不方便，37.2%的农民认为购买生产资料不方便。据测算，目前，农村居民人均固定商业面积不足0.1平方米，仅占北京、上海等主要城市的十分之一。农村基础设施落后，物流运输困难。农村基础设施落后、交通条件差阻碍了农村物流的发展主要威胁之一就是配送成本较高。物流配送成本高使得电子商务的发展大大降低了成本效益。
2.专业性人才缺乏
农村的大部分地区处于贫困落后状态，电子商务专业人才匮乏。尽管国家或地方政府出台相关政策和优惠条件鼓励高校毕业生等人才留在农村，但农村生活条件艰苦难以吸引大批人才留下。人才问题可以说很大程度上制约了农村电商物流的发展。
3. 支付与结算问题
在城市，支付和结算是方便的，但在农村地区，这些付款方式难以推广。传统支付现金观念在我国农民中已经存在了相当长的时间，虽然随着“农二代”的信息化水平和知识水平的提高，部分农民开始慢慢接受电子商务交易模式，但过程仍然漫长。目前的支付方式主要是利用邮政、信用社等农村金融机构开展资金结算。农村思想保守，农村居民对电子银行、移动支付等现代支付手段持怀疑态度，涉及资金安全等问题。